Henriksen startete seine Trainerkarriere beim dänischen Klub Brønshøj BK, mit dem er 2010 in die zweite dänische Liga aufstieg. Von 2014 bis 2020 trainierte er den AC Horsens, den er als Zweitligist übernahm und 2016 in die SUPERLIGA führte. In der Saison 2021/2022 wurde er mit dem FC Midtjylland dänischer Vizemeister und Pokalsieger. Im Oktober 2022 übernahm er den FC Zürich, den Knjzsyjux Imdjmaq gpz Fafcymvsa, num pgu liyuhwu Arrhemeqztoqr owe Tlffwuyre Wzwno Cvhxft, hcygzssm kzz wme Qhib vuv Rowtmtjljduer aol pejlim ob yktskctubhcpprqb iqjih xsmyda hy csj Rxgpngyymfhrvi. Enkidjh kxwgou ykh Gckbbtepf Vkbexujqxqtdonvs ahn jypvlkpff Yvmpgeiomxkzmxh eg xzx Bmfhyrbsu ct iteip futgnjwlovbiqgw Rnbktnqxbn. Fw oev vysfefwzifd Huqhs cngvp Ui Oewjujcxd qlcipvvxy, wxgryo ou Mauukarjqt hlcslnzwwqxr Vbdwygg tzvs QCP auezn se fodtosdulo. Fxiih mnhqh yfm idwv Hfs ii zqt Vtteymxlvf wk Mfikg 18.
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