Fleischstücke für Fondue weisen eine kurze Garzeit auf. Roastbeef, Rinder- oder Schweinefilet, Schweineschnitzel und Putenbrust sind, in kleine Stücke geschnitten, dafür geeignet. Eine besondere Note erhält das Festessen mit Edelstücken vom Wild, z.B. vom Wildschwein oder Reh. "Kuhfleisch sollte beim Einkauf eine dunkelrote Farbe aufweisen, das Schweinefleisch hellrot bis mittelrot sein", rät Uta Viertel, Ernährungsexpertin der Verbraucherzentrale Sachsen. Wurde das Rindfleisch 14 Tage abgehangen ist es zarter und aromatischer. Bei vielen Fleischern kann ausreichend abgehangenes Fleisch vorbestellt werden. Einige Markenfleischprogramme legen besonderen Wert auf Genusseigenschaften und bringen nur gut abgehangenes Rindfleisch in den Handel. Das Fleisch muss gekühlt nach Hause transportiert und sofort wieder kühl gelagert werden. Damit es beim Festschmaus das Fonduefett nicht zu sehr abkühlt, sollte es aber nicht eiskalt aufgetischt werden.
Vor der Mahlzeit wird es gewaschen und sorgfältig trocken getupft, damit das Fett nicht spritzt. Das Würzen erfolgt erst nach dem Garen. Salz entzieht dem Fleisch Flüssigkeit, und es wird zäh. Das Fett muss eine Temperatur von 180 Grad aufweisen, damit sich beim Fleisch die Poren schnell schließen und kein Saft nach außen, aber auch kein Fett nach innen dringen kann. Steigen Blasen auf, wenn ein Holzlöffel in das Fett gehalten wird, ist die richtige Temperatur erreicht. Geeignet sind spezielle Frittierfette sowie geruchs- und geschmacksneutrale Pflanzenöle wie Sonnenblumen- oder Rapsöl, reines Kokosfett und Butterschmalz. Nicht geeignet sind Butter, Margarine und kaltgepresste Öle. Alternativ zum Fett eignen sich auch Fleisch- oder Gemüsebrühe zum Garen. Die Garzeit ist aufgrund der niedrigeren Temperatur länger.
Die Brühe ist dann heiß genug, wenn sie beim Eintauchen des Fleischstückchens blubbert. Gemüsebeilagen können ebenfalls im Fonduetopf gegart werden. In mundgerechte Stücke geschnitten, bieten sich Broccoli, Champignons oder Paprika an, wobei sich die Champignons mit Fett vollsaugen. Wichtig ist, das Gemüse nach dem Waschen sorgfältig trocken zu reiben, anderenfalls spritzt das Fett.
Der Ratgeber "Fleisch. Iss gut!" der Verbraucherzentralen listet überregionale Markenfleischprogramme, die sich Maßnahmen für höhere Genusswerte ins Programm geschrieben haben.