Identifizierung geeigneter endogener Kontrollgene zur Bestimmung der Genexpression in menschlichen Gliomen mit dem RealTime ready Human Reference Gene Panel von Roche

(lifePR) ( Penzberg, )
Die quantitative Real-Time-Reverse-Transkriptase-PCR (qPCR) ist eine bei der Forschung an menschlichen Gliomen häufig verwendete Technik. Bislang wurde kein systematischer Ansatz zur Identifizierung geeigneter Referenzgene für verlässliche Genexpressionsanalysen veröffentlicht. In einer aktuellen Forschungsstudie von Kreth et al. (1) wurden 19 häufig eingesetzte Referenzgene auf stabile Expression in menschlichen Astrozytomen der WHO-Grade II und III, in Glioblastomen (WHO-Grad IV) und in normalen Hirnproben untersucht. Die Expressionsdaten der untersuchten Gene wurde statistischen Äquivalenztests unterzogen und Gene, die unterschiedliche Expression zeigten, wurden von den weiteren Analysen ausgeschlossen. Die Autoren der Studie verwendeten das RealTime ready Human Reference Gene Panel von Roche Applied Science (SIX: RO, ROG; OTCQX: RHHBY), mit dem eine simultane Expressionsanalyse der 19 Referenzgene möglich ist. Die Real-TimeqPCR wurde als Zweifachbestimmung mit dem LightCycler® 480 Instrument von Roche im 96 Well-Plattenformat durchgeführt. Die Expressionsstabilität der noch verbleibenden Gene wurde dann mit der Software NormFinder analysiert.

Die Autoren fanden heraus, dass die Expressionslevel generell in Glioblastomen am höchsten und am variabelsten waren und in den normalen Hirnproben am niedrigsten. Innerhalb jeder Tumorgruppe und auch für einen Vergleich zwischen den Tumorgruppen konnten mit der NormFinder-Analyse viele zur Normalisierung geeignete Gene gefunden werden. Die Zahl dieser Gene wurde jedoch drastisch reduziert, wenn normale Hirnproben in die Analyse miteinbezogen wurden: das Ergebnis besagte, dass nur die Gene GAPDH, IPO8, RPL13A, SDHA und TBP nicht differentiell exprimiert wurden. Die NormFinder-Analyse ergab günstige Stabilitätswerte für alle diese Gene, wobei TBP und IPO8 die höchste Stabilität zeigten. Die gefundenen 5 Gene stehen für verschiedene physiologische Reaktionswege und können als universelle Referenzgene verwendet werden zur korrekten Normalisierung der Genexpressionswerte bei Untersuchungen an menschlichen Astrozytomen verschiedener Tumorgrade (WHO-Grad II-IV), auch im Vergleich mit normalem Hirngewebe. Dies ermöglicht auch Längsschnittstudien (z. B. an Astrozytomen vor und nach einer malignen Transformation). Die Ergebnisse zeigen, dass das RealTime ready Human Reference Gene Panel von Roche perfekt geeignet ist für die Analyse einer großen Zahl verschiedener Gene, um geeignete Referenzgene für Experimente zur relativen Quantifizierung der Genexpression zu finden.

(1) S. Kreth, J. Heyn, S. Grau, H. A. Kretzschmar, R. Egensperger, F. W. Kreth. Identification of valid endogenous control genes for determining gene expression in human glioma. Neuro-Oncology, Online-Vorabveröffentlichung (Advance Access) am 5. Februar 2010
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