Seit der Saison 2011/2012 trainierte Thomas Schneider die U17 des VfB Stuttgart und wurde im ersten Jahr Vizemeister. In der abgelaufenen Spielzeit errang er mit seiner Mannschaft die Deutsche B-Junioren Meisterschaft.
Bereits mit zehn Jahren wechselte Thomas Schneider in die Jugend des VfB und durchlief bis zu seinem Profidebüt in der Saison 1991/1992 alle Junioren-Teams. Mit der U19 des VfB gewann er als Spieler zweimal die Deutsche Meisterschaft. Als Profi trug er 133-mal das Trikot mit dem roten Brustring in der Bundesliga. 1992 feierte er mit dem VfB die Deutsche Meisterschaft und 1997 den Gewinn des DFB-Pokals.
Nach seiner aktiven Karriere trainierte Thomas Schneider in der Bayernliga von 2007 bis 2009 die U19 des FC Dingolfing, anschließend übernahm er bis zum Ende der Spielzeit 2009/2010 das Traineramt der ersten Mannschaft.
Im März 2011 schloss er als zweitbester Teilnehmer des 57. Trainerlehrgangs des DFB die Ausbildung zum Fußballehrer an der Hennes-Weisweiler Akademie in Köln ab und kehrte zum VfB zurück.