Montag, 05. Dezember 2016


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454 Life Sciences kündigt für 2010 ein neues kompaktes Sequenziergerät und weitere Leistungsverbesserungen für das Genome Sequencer FLX System an

Leseweiten von bis zu 1000 bp werden möglich

(lifePR) (Branford (USA), ) 454 Life Sciences, eine Tochterfirma von Roche (SIX: RO, ROG; OTCQX: RHHBY), kündigte auf dem jährlichen Treffen der Association of Molecular Pathology in Kissimmee (Florida/USA) eine Reihe von bahnbrechenden Entwicklungen im Bereich der Hochdurchsatzsequenzierung an. Da der Bedarf an Next-Generation-Sequenzierdaten in der biologischen und medizinischen Forschung zunimmt, entwickelte das Unternehmen das neue GS Junior System, ein kostengünstiges Kompakt-Sequenziergerät, dessen Markteinführung für 2010 geplant ist.

Die Leistungsmerkmale des GS Junior Systems, das nicht mehr Platz als ein gewöhnlicher Laserdrucker einnimmt, sind speziell auf die Bedürfnisse kleiner bis mittelgroßer Labore abgestimmt. Das Gerät wird eingeführt mit dem GS Junior Titanium System für lange Leseweiten von 400 bis 500 Basenpaaren. Dazu kommt ein Desktop-Computer, der für die Steuerung des Geräts und die spätere Datenanalyse eingerichtet ist. "Mit dem GS Junior System wird Next-Generation-Sequenzierung für den einzelnen Forscher erreichbar, so wie der PC den Computer einer Massenanwendung geöffnet hat.", sagte Christopher McLeod, Präsident und Geschäftsführer von 454 Life Sciences. "Diese Schlüsseltechnologie wird jetzt für nahezu alle Forschungslabore erschwinglich. Gleichzeitig verbessern wir weiterhin die Leistungsfähigkeit des Systems."

Das Unternehmen kündigte außerdem den Start eines "Early-Access"-Programms im Rahmen der weiteren Leistungsverbesserungen für das Flaggschiff der Firma, das Genome Sequencer FLX System, an. Damit wird die Leseweite der aktuellen GS FLX Titanium Kits auf bis zu 1000 bp verdoppelt werden. Das Programm startet Ende dieses Monats zunächst am Joint Genome Institute des US-Energieministeriums, wo die langen Leseweiten die Sequenzierung großer, komplexer Genome ermöglichen werden. Weitere Early-Access-Partner werden in Kürze bekannt gegeben.

"Die Vorteile der mit unseren Geräten möglichen längeren Leseweiten und in Kombuination mit den Neuerungen unserer Assembly-Software wurden in einigen aktuellen De-novo-Sequenzierungsprojekten demonstriert, so zum Beispiel beim Kabeljau- und Ölpalmengenoms.", erklärte Michael Egholm, CTO und Vizepräsident von Forschung und Entwicklung bei 454 Life Sciences. "Mit dem Genome Sequencer FLX System steht eine robuste Plattform zur schnellen Sequenzierung und Assemblierung von Genomen fast beliebiger Größe zur Verfügung, die ohne zusätzliche Sanger-Daten auskommt."

Eine weitere Ankündigung des Unternehmens auf dem Meeting in Kissimmee betraf die Markteinführung und sofortige Verfügbarkeit mehrerer neuer Kits, Protokolle und Software-Updates für das Genome Sequencer FLX System, mit denen zwei neue wichtige Anwendungsbereiche von den 400-500 bp langen Leseweiten und der erhöhten Dichte des GS FLX Titanium Systems profitieren können: die Sequenzierung von Transkriptomen und die Sequenzierung von Amplikons (PCR-Produkten). Eine Reihe weiterer Produktaktualisierungen werden zur Vereinfachung der Arbeitsabläufe beitragen. Dazu gehören ein neues Rapid Library Preparation Kit, das mit etwa der Hälfte der bisherigen Arbeitszeit auskommt und deutlich weniger DNA benötigt, und ein Set von zwölf Rapid-Library-Multiplex-Identifier-(MID)- Adaptoren, mit denen Proben gepoolt sequenziert werden können.

Deutliche Verbesserungen der gesamten GS-Datenanalysesoftware gibt es beispielsweise an der neuen Version des GS De Novo Assembler, mit dem jetzt auch Datensätze aus Genomen und Transkriptomen, die von der Größe her dem menschlichen Genom (3 Gb) entsprechen, verarbeitet werden können. Das neue cDNA-Sequenzierungsprotokoll und die Assembly-Software bieten zusammen eine vollständige Lösung für die De-novo-Sequenzierung und Analyse von Transkriptomen. Damit wird ein umfassendes Abbild der Genausstattung fast jedes Organismus möglich, selbst von bislang nicht charakterisierten Spezies.

"Die langen EST-Reads des Genome Sequencer FLX Systems enthalten oft mehrere Exongrenzen und lassen sich mit unserer neuen Software zur Transkriptom-Assemblierung eindeutig anordnen.", sagte Egholm. "Wir glauben, dass diese Lösung deutliche Vorteile gegenüber den bestehenden Herangehensweisen besitzt: Die Assemblierung ist einfach und es können alternativ gespleißte Transkripte charakterisiert werden, für eine große Zahl von Organismen und ohne Referenzsequenz."

Die neueste Serie von GS FLX Titanium Kits beinhaltet auch eine neue Lösung für Anwendungen im Bereich gezielte Amplikon-Sequenzierung, mit der die ultratiefe Sequenzierung von 400 bp langen Amplikons möglich ist. "Die Amplikon-Sequenzierung mit dem Genome Sequencer FLX System hat den Weg für wichtige medizinische Forschungsvorhaben der letzten Jahre bereitet. Beispiele hierfür sind der Nachweis von niedrigfrequenten medikamentenresistenten HIV-Varianten in Proben infizierter Patienten und die hochauflösende HLA-Sequenzierung und Typisierung.", erklärte McLeod. "Die Amplikon-Sequenzierung mit dem GS FLX Titanium System wird für diese Untersuchungen zu einem neuen Leistungssprung führen, da Amplikons verwendet werden können, wie sie bisher bei der Sanger-Amplikon-Sequenzierung eingesetzt wurden, aber mit dem zusätzlichen Vorteil von bis zu einer Million klonalen Reads pro Analyselauf."

Weitere Informationen zum 454-Sequencing-System finden Sie im Internet unter www.454.com. Die Spezialseiten des GS Junior erreichen Sie unter www.gsjunior.com.

Roche Diagnostics GmbH

Roche, mit Hauptsitz in Basel in der Schweiz, ist ein weltweit führendes, forschungsorientiertes Healthcare-Unternehmen in den Bereichen Pharma und Diagnostika. Als weltweit größtes Biotech-Unternehmen trägt Roche mit innovativen Produkten und Dienstleistungen, die der Früherkennung, Prävention, Diagnose und Behandlung von Krankheiten dienen, auf breiter Front zur Verbesserung der Gesundheit und Lebensqualität von Menschen bei. Roche ist der weltweit bedeutendste Anbieter von In-vitro-Diagnostika sowie von Krebs- und Transplantationsmedikamenten, nimmt in der Virologie eine Spitzenposition ein und ist ferner auf weiteren wichtigen therapeutischen Gebieten aktiv, darunter Autoimmun-, Entzündungs- und Stoffwechselkrankheiten sowie Erkrankungen des zentralen Nervensystems. 2008 erzielte die Division Pharma einen Umsatz von 36,0 Milliarden Schweizer Franken und die Division Diagnostics Verkäufe von 9,7 Milliarden Franken. Roche unterhält Forschungs- und Entwicklungskooperationen und strategische Allianzen mit zahlreichen Partnern - hierzu gehören auch Mehrheitsbeteiligungen an Genentech und Chugai - und investierte im Jahr 2008 fast 9 Milliarden Franken in die Forschung und Entwicklung. Roche beschäftigt weltweit rund 80.000 Mitarbeitende. Weitere Informationen finden Sie im Internet unter www.roche.com.

Ausschliesslich für die Life Science-Forschung. Nicht für die Anwendung in der Diagnostik.

454, 454 SEQUENCING, 454 LIFE SCIENCES,GS FLX, GS FLX TITANIUM und GS JUNIOR sind Marken von Roche.

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