Der Südschwarzwälder wurde in Waldshut-Tiengen geboren und spielte in seiner Jugend beim FC Rot-Weiß Weilheim, dem SV 08 Laufenburg und schließlich beim SC Freiburg, wo er in U17 und U19 spielte. Es folgte 2006 der Wechsel zum SC Pfullendorf in die Regionalliga. Im Jahr 2008 kehrte Johannes Flum zum SC Freiburg zurück und gab 2010 sein Profidebüt in der 1.Liga.
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